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Les activités de Sciences Citoyennes sont de deux ordres : celles subventionnées par des structures publiques régionales, nationales ou européennes, avec une apparence plus institutionnelle, et celles, principalement financées par la Fondation pour le progrès de l’homme (FPH), ayant une portée plus militante. Ainsi, Sciences Citoyennes a participé à plusieurs programmes européens : PERARES, CREPE, TRAMS, etc. Ces programmes portent principalement sur les liens entre société civile et les politiques de recherche. Sciences Citoyennes est aussi partie prenante dans le programme REPERE (Réseau d’échange et de projets sur le pilotage de la recherche et l’expertise), une des suites du Grenelle de l’environnement, et subventionné par le ministère de l’Ecologie. Par ailleurs, plusieurs responsables de Sciences Citoyennes participent à des PICRI (Partenariat institutions-citoyens pour la recherche et l’innovation) avec la Région Ile-de-France. En 2012, Sciences Citoyennes a réalisé une étude financée par la Fondation de France destinée à dresser un état des lieux de la recherche participative en France. La deuxième activité porte maintenant sur la réalisation d’une étude de faisabilité d’une plateforme de ressources en ligne sur la recherche participative. Sciences Citoyennes est aussi impliquée dans la problématique de la transparence. Déplorant «les carences démocratiques au sein du réseau ETAL (Encadrement et Transparence des Activités de Lobbying)» auquel elle participait, Sciences Citoyennes est désormais en lien direct avec le réseau européen Alter EU. En juin 2015, Sciences Citoyennes a signé une tribune dans Libération intitulée «Dialogue environnemental : rendons la parole aux citoyens». En septembre 2015, Sciences Citoyennes a participé au colloque «Science versus Lobbying» organisé à Bruxelles par l’ONG Corporate Europe Observatory (CEO).
Sur les aspects plus militants, Sciences Citoyennes fait du lobbying pour deux projets de loi qu’elle a rédigés : l’un sur les conventions de citoyens, l’autre sur la création d’une Haute autorité de l’Alerte et de l’Expertise. En automne 2012, le groupe EELV au Sénat a déposé une proposition sur les lanceurs d’alerte calquée sur celle élaborée en 2010 par Sciences Citoyennes. Cependant, Sciences Citoyennes déplore que ce projet de loi ait été «détricoté par la démocratie parlementaire». L’association poursuit toujours sont lobbying, privilégiant les milieux institutionnels. Le 17 décembre 2013, Sciences Citoyennes organise au Palais du Luxembourg un colloque sur le thème «Alerte, expertise et démocratie». En 2015, en collaboration avec Transparency International France, Sciences Citoyennes a organisé un cycle de débats «pour l’amendement de la protection de nos lanceurs d’alerte, avec notamment une loi cadre, une Autorité indépendante et la préfiguration d’une Maison pour les lanceurs d’alerte (MLA)». Le premier colloque a eu lieu en février à l’Assemblée nationale, le deuxième en avril à l’auditorium confédéral de la CFDT, et le troisième en septembre, à nouveau à l’Assemblée nationale. Sciences Citoyennes participe aussi à un groupe d’étude du Conseil d’État sur l’alerte.
Sciences Citoyennesa soutenu ces dernières années plusieurs lanceurs d’alerte, dont Pierre Méneton, Véronique Lapides, Christian Vélot, Jacques Poirier. L’association est très impliquée dans des campagne de soutien à Gilles-Eric Séralini par exemple lors de son procès en diffamation en 2011 contre Marc Fellous, responsable de l’AFBV, ou à l’occasion de la publication en 2012 de l’étude du CRIIGEN sur le NK603 et le Roundup. Sciences Citoyennes avait d’ailleurs été conviée par la FPH, pour participer «au week-end stratégique d’information organisé par le CRIIGEN à Barjac, lors de la publication médiatisée des travaux de G.E. Séralini et de son équipe», et cela afin «de se former sur les réponses à apporter au discrédit jeté sur ces travaux».
Sciences Citoyennes est un acteur clef dans un réseau européen de chercheurs engagés, baptisé «European Network of scientists for social and environmental responsibility» (ENSSER). Sciences Citoyennes participe également au collectif d’associations (regroupant Greenpeace, les Amis de la Terre, ATTAC, Sherpa et Via Campesina) qui anime le site combat-monsanto.org. En 2009, Sciences Citoyennes a également participé à la création du Réseau Environnement Santé, dont le responsable, André Cicolella, fait partie du CA de Sciences Citoyennes.
En mars 2010, Sciences Citoyennes a co-organisé avec le CRIIGEN et l’ENSSER un séminaire au Parlement européen à Bruxelles sur le thème : «Santé : l’expertise en question. Conflits d’intérêts et défaillances de l’évaluation». De façon plus générale, Sciences Citoyennes organise et participe à de nombreux colloques et conférences. En mars 2015, Sciences Citoyennes a organisé le 4e Forum Mondial Sciences et Démocratie (FMSD) à Tunis. L’association organise aussi chaque année un festival de films appelé «Science en bobines» et dont l’affluence a été en 2014 de 1300 personnes qui ont assisté à l’une des 24 projections-débats du festival. En janvier 2011, Sciences Citoyennes a sorti un livre intitulé Labo Planète – Ou comment 2030 se prépare sans les citoyens, issu de sept conférences du cycle de débat Dialogues Sciences Planète (organisé par Sciences Citoyennes entre octobre et décembre 2007) et rédigé par Jacques Testart, Catherine Bourgain et Agnès Sinaï. En avril 2015, Sciences Citoyennes a organisé un cycle de formation sur les thèmes suivants : Recherche participative et tiers-secteur scientifique ; Lobbying et conflits d’intérêts ; Expertise et lanceurs d’alerte ; Maîtrise du vivant : réalités et contrôles. Fin 2015, en marge de la COP21, Sciences Citoyennes a publié divers documents sur la géoingénierie et a été présente à plusieurs manifestations.
