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Aux Européennes de 1999, la liste menée par Antoine Waechter fait 1,52%. Aux élections cantonales et municipales de 2001, le MEI arrive à obtenir quelques élus. En 2004, le MEI ne se présente que dans la circonscription interrégionale Est, où il fait 2,76%. Aux élections régionales de 2004, le MEI obtient 1,59% des voix, mais atteint 7,4% en Alsace avec Antoine Waechter. Le MEI est présent dans 133 circonscriptions lors des législatives de 2007 et obtient la reconduction de son financement public puisque 84 candidats ont passé la barre de 1%. Aux municipales de 2008, le MEI obtient une trentaine d’élus, en majorité dans de petites communes. En 2009, il fait 3,6% au sein de l’Alliance des écologistes indépendants, qui regroupe le MEI, La France en action et Génération Ecologie. Aux régionales de 2010, le MEI s’allie à Europe Ecologie en Alsace, et Antoine Waechter est élu au deuxième tour. Aux élections cantonales de 2011, les candidats du MEI, soutenus par EELV, réalisent des scores au premier tour de 8 à 26%.
Aux élections municipales de 2014, le MEI ne présente que 6 listes autonomes. Aux Européennes de 2014, 5 candidats du MEI, dont Antoine Waechter, sont présents sur les listes d’EELV mais aucun est élu. Aux Régionales de 2015, Antoine Waechter est tête de liste pour EELV et le MEI dans le Haut-Rhin, mais il n’est pas réélu.
